Bingöl Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü 17.05.2007 tarih ve 5662 sayılı kanunun 7. Maddesi’ne eklenen 85 no’lu ek maddenin “ç” bendi ile Üniversitemiz Rektörlüğüne bağlı olarak “Fen Bilimleri Enstitüsü” adı altında kurulmuştur. İlk lisansüstü öğretime 2009-2010 öğretim yılı bahar yarıyılında Biyoloji, Kimya ve Zootekni Anabilim Dallarında başlamıştır.  2010-2011 öğretim yılı güz yarıyılında Tarla Bitkileri, 2011-2012 öğretim yılı güz yarıyılında Toprak Bilimi ve Bitki Besleme, Bahçe Bitkileri ve Fizik, 2012-2013 öğretim yılı Bahar yarıyılında Makine Mühendisliği ve 2015-2016 öğretim yılı bahar yarıyılında İş Sağlığı ve Güvenliği Tezli ve 2016-2017 öğretim yılı bahar yarıyılında ise İş Sağlığı ve Güvenliği Anabilim Dalında Tezsiz yüksek lisans öğretimine başlamıştır.

2018-2019 öğretim yılı güz yarıyılında Moleküler Biyoloji ve Genetik, Matematik ile Arı ve Arı Ürünleri tezli yüksek lisans programları açılmıştır. 2019-2020 öğretim yılında, disiplinlerarası nitelikte olan Gıda Güvenliği ve Yenilenebilir Enerji Sistemleri tezli yüksek lisans programları ile Biyoloji, Arı ve Arı Ürünleri Anabilim Dalı doktora programı açılmıştır. 2020-2021 öğretim yılı güz döneminde Biyosistem Mühendisliği tezli  yüksek lisans programı ile Yenilenebilir enerji sistemleri Doktora ve İş Sağlığı ve Güvenliği Doktora programı açılmıştır. 2022-2023 öğretim yılı güz döneminde İnşaat Mühendisliği Anabilim Dalı tezli yüksek lisans programı açılmıştır. 2024-2025 öğretim yılı güz döneminde ise Elektrik-Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalı Tezli yüksek Lisans Programı açılmıştır. Böylece, Fen Bilimleri Enstitümüz toplamda 17 Anabilim Dalı sayısına ulaşmıştır. Arı ve Arı Ürünleri Anabilim Dalına üniversitemizin ilk 100/2000 Doktora Bursu programı çerçevesinde 2 tematik alanda toplam 6 öğrenci alınmıştır.  2020-2021 Güz döneminde Gıda Üretim ve Tüketim Zincirleri tematik alanında ise 3 öğrenci almıştır. 2020-2021 öğretim yılında Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalında 100/2000 Doktora Bursu programı çerçevesinde" Bitki Genetiği ve Tarımsal Biyoteknolojisi (Tohum Araştırmaları ve Aşı Teknolojisi)" tematik alanında 3 öğrenci alınmıştır.

İlk kuruluş aşamasında 1 Müdür, 2 Müdür Yardımcısı ve 1 memur ile çalışmalarına başlayan, “Fen Bilimleri Dergisi” adı altında bir de dergi çıkaran enstitümüzde Temmuz 2011’de yeni bir yapılanmaya gidilmiş, akademik ve idari kadrolarda değişikliklere gidilmiş, 1 Enstitü Sekreteri ve 5 memur daha ilave edilmiştir. Enstitümüze ait bir bina olmamakla beraber, Enstitü çalışanlarına ait eski rektörlük binasında odalar tahsis edilmiştir. Böylece kurumsallaşmaya doğru önemli bir adım atılmış olan Enstitümüz, çalışmalarına devam etmektedir. Yeni yönetim tarafından, Enstitü dergisinin nicelik ve nitelik olarak geliştirilmesi çalışmaları çerçevesinde; dergi ismi ve yazım kurallarında değişikliğe gidilmesi, dergi yönetiminde yeniden yapılanmaya gidilmesi, dergide yayınlanacak makale sayısı, yayın kalitesi ve baskı kalitesinde artış sağlanması ve uluslar arası bir kimlik kazandırılması çalışmalarına başlanmıştır. Enstitümüze ait söz konusu dergide isim değişikliği de gerçekleştirilerek “Türk Doğa ve Fen Dergisi” adı altında yayın kalitesi ve yayın sayısında artışa gidilmesi çalışmaları devam etmektedir. Ayrıca, 07.12.2012 tarihli ve 28316 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan “Bingöl Üniversitesi Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği” değişiklik çalışmaları, 25/02/2011 tarihli ve 27857 sayılı resmi gazete de yayınlanan 6111 sayılı kanunun 171, 172. ve 173. Maddelerine göre güncellenerek Fen Bilimleri Enstitümüzce tamamlanmış ve Üniversite Senatosuna sunulmuş olup, 2012 yılı içerisinde YÖK tarafından onaylanarak yürürlüğe girmiştir.

Fen Bilimleri Enstitüsünde 1 enstitü müdürü ve 2 enstitü müdür yardımcısı görev yapmaktadır. Enstitü kurulu; enstitü müdürünün başkanlığında, enstitü müdür yardımcıları ve enstitüde öğretim programları bulunan anabilim dalı başkanlarından oluşur. Enstitü Yönetim Kurulu; müdürün başkanlığında, müdür yardımcıları, müdürce gösterilecek altı aday arasından Enstitü Kurulu tarafından üç yıl için seçilecek üç öğretim üyesinden oluşur. Anabilim dalı başkanları, fakültelerinde bölüm başkanı olarak yürüttükleri görevleri enstitü açısından yerine getirirler, lisansüstü düzeydeki eğitimin yürütülmesinde enstitüye karşı sorumludur.  Enstitü Kurulu ve Enstitü Yönetim Kurulu, 2547 sayılı Kanun’la Fakülte Kurulu ve Fakülte Yönetim Kuruluna verilmiş görevleri enstitü bakımından yerine getirirler. Enstitüde, enstitü sekreterinden hariç 5 idari personel çalışmaktadır.